物語の舞台は近未来、ハートランドと呼ばれる街。九十九遊馬はアマチュアながらデュエルモンスターズのチャンピオンを目指す若きデュエリスト。ある日、学校のいじめっ子との決闘中に、遊真の前にアストラルと呼ばれる謎の精霊が現れ、彼を勝利に導いてくれる。その後、アストラルはユマに、失われた記憶を探していると説明します。記憶は「ナンバーズ」と呼ばれる99枚の「エクシーズモンスター」カードに変換され、世界中に散らばっています。「ナンバーズ」は、それを所有する決闘者に憑依し、彼らの暗い欲望を引き出す能力を持っています。記憶を取り戻し、「ナンバーズ」のカードを集めるため、アストラルは遊馬とタッグを組む。

※ 機械翻訳です。原文と異なる場合があります。