超劇場版ケロロ軍曹3 ケロロ対ケロロ 天空大決戦であります！

映画は日向冬樹とケロロ小隊がペルーの山頂都市マチュピチュの廃寺を探索するところから始まる。探検中にケロロは誤って罠を仕掛けてしまい、偶然、鍵が入った台の上に、中央に大きな青いクリスタルがある隠し部屋を発見する。ケロロが鍵に寄りかかると部屋の中で謎の機械が作動し、神殿全体が揺れた。何が起こっているのかを理解した一行はすぐに部屋から飛び出した。走っている間、ケロロはうっかりケロボールを失くしてしまい、冬木は走り出す途中で輝く若い女性を一瞬垣間見て、部屋に女の子がいたとケロロに告げるが、彼は何も言う前に部屋を出ざるを得なくなる。グループは脱出に成功し、少女（今、一対の輝く翼が生えている）は彼らが去るのを見守っています - 部屋に戻ると、クリスタルの中で何かが成長しています... (出典: AniDB)

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